Η ΕΔ ΕΣΠΑ ΥΠΕΚΥΠ διαρθρώνεται σε τρεις (3) Μονάδες ως εξής:

1. Μονάδα Α: Σχεδιασμού και Προγραμματισμού Δράσεων.
2. Μονάδα Β: Υποστήριξης Ένταξης και Παρακολούθησης Δράσεων, Εφαρμογής Συστημικών Παρεμβάσεων και Υλοποίησης έργων.
3. Μονάδα Γ: Διοικητικής Υποστήριξης και Τεχνικής Βοήθειας.